Durante il periodo dell'accademia, Lee viene costantemente preso in giro per la sua condizione di incapacità di usare sia le Arti Illusorie, sia le Arti Magiche. Nonostante questo, testardamente decide di voler diventare un ninja rispettabile, puntando tutto sulle Arti Marziali.

Finisce in squadra con Neji Hyuga, un vero e proprio genio di arti magiche in possesso di una tecnica di combattimento unica ereditata dal suo clan. Neji, dunque, diventa subito il rivale principale di Lee, ma ben presto quest'ultimo capisce che il suo avversario è decisamente più bravo di lui. Decide così di allenarsi duramente allo scopo di migliorarsi, ma i risultati tardano a mostrarsi, quindi Lee cade in una profonda depressione.

Fortunatamente, a questo punto riceve l'aiuto del suo caposquadra, Gai, che gli ridà fiducia in se stesso e lo aiuta negli allenamenti. Si forma quindi un forte legame tra i due, quasi tra padre e figlio (nella serie non viene mai detto niente a proposito dei veri genitori di Lee).

Durante l'esame per diventare Chunin, Lee si innamora perdutamente di Sakura Haruno, ma viene brutalmente respinto per il suo aspetto poco gradevole e soprattutto per la foltezza delle sue sopracciglia. Nonostante ciò Lee promette a Sakura di proteggerla in ogni occasione. Inoltre, poco prima dell'inizio dell'esame, Lee si confronta per la prima volta con Sasuke Uchiha, riuscendo a sconfiggerlo malgrado il suo Sharingan.

Durante la prova della Foresta della Morte, Lee corre in aiuto di Sakura, da sola contro tre genin del Villaggio del Suono e mostrando per la prima volta una delle sue tecniche più potenti, il Loto Frontale. La superiorità numerica dei nemici ha ragione anche della forza di Lee e solo l'intervento di un redivivo Sasuke e del Team 10 salva i ragazzi dalla morte. Comunque, Lee dichiara a Sakura che la prossima volta che si sarebbero visti lui sarebbe stato più forte e che "il Loto del Villaggio della Foglia fiorisce due volte".

Lee ha modo di mostrare completamente le sue potenzialità durante lo scontro preliminare alla terza prova dell'esame dei Chuunin, quando ha come avversario Gaara del Deserto. La potenza del suo avversario lo costringe prima a togliersi i pesi che porta sempre alle caviglie, poi all'uso del Loto Frontale e poi, in un disperato tentativo di vincere, all'apertura delle cinque porte del chakra per utilizzare la tecnica proibita del Loto Posteriore.

Tuttavia, benché messo in grave difficoltà, l'abilità innata di Gaara (il controllo della sabbia) gli permette di vincere e di infliggere gravi danni a Lee, tanto che i medici che lo soccorrono rivelano a Gai che non avrebbe più potuto essere un Ninja.

Lee respinge rabbiosamente questa realtà e continua ad allenarsi malgrado le raccomandazioni dei medici. L'arrivo del geniale Sannin medico Tsunade ridà inizialmente una speranza a Lee, ma la donna lo mette in guardia: l'operazione che potrebbe rimetterlo in sesto ha il 50% di possibilità di ucciderlo; tuttavia la donna, colpita dalla determinazione del ragazzo, si applica nella consultazione di arcani testi medici e riesce così ad aumentare la percentuale di successo al 58%. Dopo giorni di tormento e depressione, di nuovo il maestro Gai mette fine all'indecisione di Lee, che quindi decide di operarsi. Fortunatamente, tutto finisce bene.

Mentre è ancora convalescente, Rock Lee partecipa all'inseguimento di Sasuke Uchiha, fuggito dal Villaggio della Foglia per raggiungere Orochimaru. Si confronta dunque con uno dei Cinque del Suono per dare a Naruto il tempo di raggiungere Sasuke, Kimimaro, e beve del sakè che aveva sostituito per errore ad una medicina. Questo lo getta in uno stato di completo disorientamento e rivela per la prima volta la sua naturale attitudine per lo Stile dell'Ubriaco. Tuttavia, nonostante in un primo momento sembri in vantaggio, la debolezza in seguito all'operazione e l'incredibile abilità innata di Kimimaro alla fine hanno ragione di Lee e solo l'intervento di Gaara lo salva da morte certa. Lee è l'unico allievo di Gai a riuscire a imparare le tecniche del Loto, il loto frontale che apre due porte, il pericoloso loto posteriore che ne apre cinque e che viene considerato la sua arma segreta e forse imparerà il mortale loto interno che apre tutte e otto le porte raggiungendo la forza di un Kage ma rischiando la vita e morendo all'ottava porta.

Durante i filler della serie animata, Rock Lee compie numerose missioni in compagnia di Naruto, confrontandosi tra l'altro con Raiga, uno dei sette Spadaccini della Nebbia, con l'allievo di un nemico di Gai e fondando persino un proprio Dojo.

Nella seconda parte del manga, Rock Lee è diventato un Chunin e partecipa insieme al suo Team all'inseguimento di Sasori e Deidara dell'Organizzazione Alba, che hanno rapito Gaara per potergli estrarre il Demone a Una Coda dal corpo. Come gli altri del suo Team, è costretto a combattere contro un duplicato di se stesso per poter disattivare uno dei sigilli della barriera che circonda il luogo dove si sono rifugiati i membri dell'Akatsuki. Sarà proprio lui ad intuire il modo per batterli. I loro cloni non avvertono la fatica, quindi il Team Gai è in svantaggio. Tuttavia, per batterli, basta solo essere più forti di prima. Così, grazie alla loro forza di volontà e all'impulso di Rock Lee, i membri del Team tirano fuori tutte le loro forze, riuscendo finalmente a sconfiggere i loro cloni, per poi raggiungere Naruto, Kakashi, Sakura e la vecchia Chiyo, che nel frattempo liberano Gaara, ormai morto, dalle grinfie di Deidara. Grazie all'abilità innata di Neji scoveranno Deidara, sopravvissuto all'inseguimento di Kakashi e Naruto, anche se menomato dalla perdita del braccio rimasto, ed inizieranno un frenetico inseguimento, durante il quale Deidara finirà per farsi saltare in aria, ma solamente per finta. I due Team, quello di Gai e di Kakashi, verranno salvati dal Mangekyou Sharingan di Kakashi, che sposterà l'esplosione in un'altra dimensione. Dopo aver resuscitato Gaara grazie al sacrificio della vecchia Chiyo e al chakra di Naruto e portatolo al Villaggio della Sabbia, ritornano a Konoha. Durante il tragitto ha luogo una delle sue scenette comiche con Gai; quest'ultimo, offeso da Tenten perché lui e Kakashi sono troppo lenti rispetto al gruppo, si carica l'amico sulle spalle e comincia a correre velocissimo, sfidando gli altri a stargli dietro. Rock Lee, pensando che sia un allenamento, si offre di portare in spalla il suo compagno di squadra, Neji, che rifiuta energicamente la proposta. Tornati a Konoha, il Team Gai si prende un po' di riposo. Riappare con il suo team durante l'attacco di Pain a Konoha, e nonostante si trovino fuori dal villaggio per via di una missione, notano il pericolo e si apprestano a tornarvi.